La caída de plántulas está ocasionada por un conjunto de factores: insectos de suelo, hongos de suelo, quemaduras por el plástico... Entre los hongos destacan Rhizoctonia solani, Pithyum ultimum y Thielaviopsis bassicola. Son hongos muy comunes en todas las zonas pudiendo actuar solos o asociados y, en años fríos y húmedos pueden casuar graves daños.

El periodo más suceptible del algodón va desde su germinación hasta el estado de plántula. Las infecciones más severas se producen a temperaturas inferiores a 21 ºC, por debajo de los óptimos de crecimiento de los hongos pero desfavrables para el algodón. La humedad elevada en el suelo también favorece la enfermedad.